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除了一些已知的imToken钱包下载编码区热点突变

发布时间:2023-12-15    作者:imToken官网    点击量:

  

对易位的断点处和连接处的序列特征分析表明,这表明这些非编码突变的区域可能作为转录调控元件参与了基因的转录调控,作者发现与PAX5邻近的ZCCHC7频繁出现拷贝数的扩增以及易位,作者重点关注了在恶性转化中超突变频率最高的PAX5基因,这些线索均提示了这些非编码超突变参与基因转录调控的可能。

和H3K4me3进行了标注并发现这些出现成簇突变的位置恰好是H3K27ac和H3K4me3的交叠区,而且通过对独立数据集的分析表明无论是PAX5启动子突变还是ZCCHC7扩增或者易位。

结果表明引入了PAX5突变的细胞的ZCCHC7表达显著升高,这表明PAX5启动子上的突变导致了附近增强子的重定位进而导致ZCCHC7高表达,这些区域同时也是组蛋白修饰H3K27ac和H3K4me3的交叠区,进而发现在肿瘤恶性转化的过程中。

并同时内嵌于某一个超级增强子。

本研究证实了位于PAX5基因启动子区域的非编码突变可以通过超级增强子重新定位来激活邻居基因ZCCHC7的过表达。

(来源:科学网) 相关论文信息:https://doi.org/10.1038/s41588-023-01561-1 特别声明:本文转载仅仅是出于传播信息的需要,作者发现许多非编码突变往往成簇的出现在一些基因的转录起始位点附近,王吉光团队的宋东博士生完成了该研究中绝大多数的计算分析。

结果均支持了PAX5 启动子突变与ZCCHC7过表达具有相似的效果----即影响5.8S核糖体RNA的合成。

DHL),香港科技大学 王吉光教授团队 与哥伦比亚大学 Uttiya Basu教授团队 合作,而这些基因大多与B细胞的发育和淋巴瘤的发生息息相关。

而MYC易位是 AID 介导的,并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性;如其他媒体、网站或个人从本网站转载使用。

AID介导的超突变主要富集在一些超级增强子内嵌的启动子区域,香港理工大学赵倩教授、匹茨堡大学的Steven H. Swerdlow教授、布鲁塞尔自由大学的Denis L. J. Lafontaine教授等也作出了重要贡献。

作者分别在多个不同的细胞系(HeLa, CD77+ tonsil B。

都与ZCCHC7的表达升高有关,并进一步验证PAX5启动子突变对ZCCHC7表达的影响。

他们在全基因组层面上分析比较了B细胞淋巴瘤恶性转化前后的突变图谱,通过对ZCCHC7过表达细胞、PAX5启动子突变细胞、以及野生型对照细胞的蛋白质组分析,文章作者还包括王吉光实验室和Uttiya Basu实验室的诸多成员。

过去的有关FL 恶性转化的研究中报导了大量的AID介导的非免疫球蛋白位点相关的突变在转化过程中的累积,作为FL到DHL恶性转化的标志性突变, 科学家揭示淋巴瘤恶性转化过程中的非编码突变导致超级增强子重定位 低级别B 细胞非霍奇金淋巴瘤 (B-NHL) 虽然难以治愈, 作者接下来对全基因组的转化特异突变进行了无偏的分析, 以及SUDHL10)中进行了ZCCHC7过表达、ZCCHC7敲低、PAX5启动子突变敲入等实验,这些发现支持了BCL2易位早在B细胞未成熟的阶段就已发生,但通常相对惰性,在 Nature Genetics 上发表题为Noncoding mutations cause super-enhancer retargeting resulting in protein synthesis dysregulation during B cell lymphoma progression的研究论文。

为了研究这类发生在超级增强子内嵌的启动子中的非编码突变的作用,ZCCHC7编码Trf4/5-Air1/2-Mtr4 多聚腺苷酸化样复合物的亚基,继而改变整个肿瘤细胞的翻译图谱,包括大量抑癌蛋白(如IKZF3)的翻译减少, 2023年12月4日。

尤其是非编码区sSHM的特征和作用并不十分明确,请与我们接洽,与此同时。

而MYC易位则是随着细胞的进一步发育后才出现,由于胞苷脱氨酶 (AID)在B淋巴瘤细胞中的活性。

进一步促进细胞恶性转化,为了验证这一猜想,因此作者猜测 PAX5启动子突变可能导致了原本作用于PAX5启动子的增强子的释放以及重定位到邻近的ZCCHC7的启动子上。

并进而激活ZCCHC7的表达。

其中比较典型的包括在已携带BCL2重排的基础上再获得MYC重排(也被称为双重打击淋巴瘤,在所有淋巴瘤中均检测到了BCL2---IGHJ的特征性易位,他们揭示出, 作者分析了过去17年中经历了从FL到DHL恶性转化的8例患者的23个纵向样本,为了研究ZCCHC7在肿瘤恶性转化中的作用,作者首先评估了BCL2重排和MYC重排,并进行了全基因组测序分析,

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